早期生涯／名古屋鲸鱼
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早在小学二年级时，本田就在摄津市当地的一支本土球队摄津FC踢球[8]。升入中学后，他加入了大阪钢巴的少年队，与同期的安田理大和家长昭博成为队友，但无奈最终未能晋级球队的青年军[9]。高中时期，本田来到石川县的星棱高校就读，并加入学校足球队[10]，首年代表球队参加日本全国青年锦标赛（日语：高円宮杯全日本ユースサッカー選手権 (U-18)大会）就取得了亚军。
在星棱的第三年，校队打入了第83届全国高校选手权（日语：第83回全国高等学校サッカー選手権大会）半决赛[10]，本田在赛场上的的表现也得到日本足协及联赛方面的赏识。2004年，本田被挑选为“J联赛赛特别指定选手”，被安排到名古屋鲸鱼足球俱乐部接受训练，期间曾以高中生身份替球队在日本联赛杯的比赛中登场一场。
2005年，本田高中毕业[10]，几家联赛球队与其接洽。本田圭佑最早在大阪钢巴青训营接受训练，不过他当时的表现并没有得到球队的认可，因此他没能与球队签约。他最终选择了与名古屋鲸鱼签约。一年之后成为球队的主力中场。两个半赛季中他共为球队出场90次，打进11个进球。
芬洛
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本田圭佑在名古屋鲸鱼度过三个赛季，其表现也受到球队一名前荷兰籍教练Sef Vergoossen留意，在他推荐下，本田终在2008年1月与荷甲联赛球队芬洛足球俱乐部签约[11]，不过他的加盟并没有帮助芬洛成功保级。
2007-2008年赛季结束后，芬洛降级荷兰足球乙级联赛。不过经过了半个赛季的适应，本田圭佑彻底适应了新环境，他再一次展现出自己坚韧的性格。在荷乙的2008-2009年赛季，本田圭佑成为了芬洛的进攻核心，他在36场比赛中打进16球，送出14个助攻，带领芬洛以荷乙冠军的身份重返荷甲。也是从那个赛季开始，本田圭佑开始了踢法上的转型。赛季结束后，芬洛以较大优势获得了该赛季荷乙联赛冠军，本田圭佑也被评为赛季荷乙联赛最佳球员[4]。
2009-10赛季，重回荷甲的本田圭佑继续保持着巅峰状态，首轮他就一传一射帮助芬洛逼平了PSV埃因霍温。在赛季前五轮比赛中，本田圭佑均有进球或助攻，带领芬洛拿到了开局五连平。火爆的状态让本田圭佑深受芬洛球迷喜爱，他们称他为“圭佑大帝”[11]。
莫斯科中央陆军
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2009年夏季，包括费耶诺德、PSV埃因霍温及阿贾克斯等多家荷兰前列俱乐部均表示渴望本田来投，然而各方并无进一步行动。[12]
直至2009年12月，俄超劲旅莫斯科中央陆军正式和芬洛接洽[13]，并于月底完成交易，转会费达九百万欧元，合约期为四年[14]。抵达新球队后，本田在2010年2月24日首次为球队比赛，在一场对西甲球队塞维利亚的2009–10年赛季欧洲冠军联赛八分之一决赛首回合赛事中以首发上场[15]。2010年3月13日，俄超2010年赛季首轮比赛本田就打进一球，帮助球队以1-0的比分胜出[16]。3月16日，球队作客挑战塞维利亚，本田不单协助队友攻入首球，更在球赛第五十五分锺离门三十米主射任意球得分，带领球队以二比一战胜对手，使球队顺利进入八强[17]。
2011年8月28日，在一场联赛与莫斯科斯巴达的莫斯科德比中，本田因右膝半月板损伤中途退赛，赛后中央陆军宣布本田将接受切除部分半月板手术，并伤停3个月。11月18日，本田时隔两个半月重新回到联赛，在比赛中首发出场并打满90分钟。但在本场赛后，本田的伤病再度复发。
2012年2月21日，本田圭佑正式复出，在欧冠决赛圈16强赛第一轮对阵皇家马德里的下半场比赛中替补上场。3月14日第二轮比赛，本田又因左腿受磕碰疼痛缺席。5月13日，俄超联赛球队客场对战喀山鲁本，本田伤愈后首发出场并在上半场第45分钟打入其自右膝半月板受伤后的首粒进球。
2013年7月14日，俄罗斯超级杯决赛中央陆军对阵泽尼特，本田圭佑梅开二度，在第15分钟和第83分钟各攻进一球，最终莫斯科中央陆军以3-0的比分战胜对手并获得该赛季俄超杯冠军。
AC米兰
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因与莫斯科中央陆军的合同在2013年底到期，本田圭佑以自由身份加盟意甲联赛球队AC米兰。
2014年1月12日，2013-14赛季意甲联赛第19轮，本田圭佑替补首秀。1月16日，意大利杯八分之一决赛，AC米兰主场迎战意乙球队斯佩齐亚，蒙托利沃左侧距门25米处大力低射造成尼古拉·莱亚利脱手，本田圭佑跟进左脚半凌空推射入网，打进他在AC米兰的首球。4月7日，AC米兰客场迎战热那亚，本田圭佑踢进了他在意甲联赛中的首球。4月11日，米兰官网宣布本田在训练中左脚脚踝扭伤。
2014-15年赛季，本田圭佑首战取得胜利，比赛第8分钟本田距门8米处右脚劲射破门。之后本田又在联赛第2轮、第4轮、第6轮各打入一粒进球。10月19日，意甲第7轮AC米兰客场挑战维罗纳，本田圭佑作为右边锋首发上场。上半场27分钟，本田在门前接到前锋沙拉维的传球将球踢进。下半场11分钟，本田梅开二度再次破门得分，在本赛季的前7轮比赛中成就了他的6个进球以及2次助攻。
2015年2月14日，AC米兰对阵热那亚，比赛进行至第64分钟时，本田在距离球门35米开带球后外拔脚破门，皮球穿越禁区并在门将面前弹地后进进球门，这是本田在2015-16赛季意甲联赛打入的第一个进球。
2017年5月21日，AC米兰主场迎战博洛尼亚，本田在比赛第57分钟替补登场并在第73分钟功入一粒禁区前沿的直接任意球。赛后本田在个人社交网站宣布赛季结束后离队。5月28日，2016-17年赛季意甲联赛最后一轮，AC米兰客场挑战卡利亚里，本田佩戴队长袖标正式告别米兰生涯。
帕丘卡
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2017年7月14日，本田圭佑于个人社交网站宣布与墨超球队帕丘卡足球俱乐部签订一年合约。8月22日，本田圭佑在墨超联赛第6轮对阵华拿古斯的比赛中完成球队首秀，并在比赛第72分钟取得进球。10月25日，在墨西哥杯淘汰赛第1轮比赛中上演转会球队后的首次梅开二度。12月9日，首次参加国际足联俱乐部世界杯，在半决赛与维达德的比赛中首发出场并帮助球队取胜。
2018年4月19日，本田圭佑拒绝了球队的续约，并且将于赛季结束后离开帕丘卡，他代表球队出战32场赛事，共攻入10球。
墨尔本胜利
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2018年8月6日，墨尔本胜利官方宣布日本球星本田圭佑自由转会加盟球队。10月20日，本田圭佑在墨尔本胜利主场1-2输给墨尔本城的比赛中上演了澳超联赛首秀，他在比赛中取得了进球[18]。
效力墨尔本胜利的日本球星本田圭佑确认，他将在2019年赛季结束后离队。2019年5月21日，墨尔本胜利在官网上宣布，22日晚亚冠小组赛对阵广岛三箭的比赛将是本田圭佑代表球队的最后一场比赛。
维特斯
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2019年10月下旬与昔日于莫斯科中央陆军时期的主帅Leonid Slutsky（荷兰语：Leonid Slutsky）目前所带领的荷甲球队维特斯一同参与训练。
荷甲球队维特斯官方宣布和日本球员本田圭佑签约，合同期到赛季结束[7]。
11月25日，日本球星本田圭佑在维特斯0-2不敌鹿特丹斯巴达的比赛中上演荷甲首秀，踢了81分钟。
荷甲球队维特斯官方宣布，加盟仅6周的日本球星本田圭佑离队[19]。
博塔弗戈
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在谈妥薪资条款之后，日本球星本田圭佑正式加盟巴甲豪门博塔弗戈，成为球队在2020赛季的第12位新援。
2020年3月16日凌晨，里约州联赛小组赛第3轮博塔弗戈主场1-1战平班古，本场比赛本田圭佑为主队攻进一球。[20]
巴甲联赛第15轮博塔弗戈客场2-1小胜累西腓体育，本田圭佑在第29分钟打入自己的巴甲首球。
据日媒表示，本田圭佑已于昨日正式与加盟近一年的博塔弗戈解约。报道称，他本人仍在寻找新的世界，其中葡超的球队波蒂莫嫩塞向本田提出了报价，双方正在谈判中。
波蒂莫嫩塞
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当地时间2月6日，本田圭佑正式以自由转会的方式，加盟葡超球队波蒂莫嫩塞。[21]
本田圭佑加盟球队5天后又恢复了自由身，解约原因是无法为本田圭佑完成本赛季的注册。本田圭佑在冬窗后才自由加盟球队，但葡萄牙足协只认2020年10月前的自由身球员，而本田2021年1月1日才离开博塔弗戈，所以他无法注册，只能选择解约。[22]
尼菲治巴库
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本田圭佑以免费自由转会的方式，来到阿塞拜疆的球队效力，周一刚刚和阿塞拜疆超级联赛球队尼菲治巴库签下合同，已经是他职业足球生涯的第10个国家效力，他与球队签约到本赛季结束。[23]
本田圭佑迎来加盟尼菲治巴库后的首秀，但球队最终0-2不敌萨姆加耶特，本田遗憾未能取得首秀的首场胜利。
上一轮3:0大胜克斯拉的比赛中，本田圭佑同样打进一球。
本田圭佑在尼菲治巴库对阵沙巴尔的比赛中打进一球，这也是本田圭佑本赛季在阿塞拜疆联赛收获的第二粒进球。
本田圭佑跟随阿塞拜疆俱乐部尼菲治巴库夺得阿塞拜疆足球超级联赛冠军，这是他时隔八年再次获得顶级联赛冠军，本赛季本田圭佑为球队出场7次打进2球。
阿塞拜疆俱乐部尼菲治巴库官方，本田圭佑合同到期离队。[24]
苏杜瓦
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2021年9月15日，日本前国脚本田圭佑在个人社交平台上宣布加盟立陶宛足球超级联赛俱乐部苏杜瓦足球俱乐部。
立陶宛足球超级联赛第30轮，苏杜瓦4-0邦加，本田圭佑完成首秀并在比赛中打进首球。